准备室：用于配制培养基和样品处理等，室内设有试剂柜、存放器具或材料的专柜、电源、电炉、冰箱、实验台和上下水道等。

洗涤室：用于洗刷器皿等，由于使用过的器皿已被微生物污染，有时还会存在病原微生物。因此，在条件允许的情况下，设置洗涤室。室内配置需有加热器、蒸锅，瓶刷、肥皂、洗衣粉等。

室：主要用于培养基的和各种器具的，室内应备有烘箱、高压蒸汽器等设备及设施。

无菌室：用于系统接种、纯化菌种等无菌操作。在微生物工作中，菌种的接种移植是一项主要操作，要保证菌种纯种，防止杂菌的污染。