一、黑曲霉
黑曲霉，是一种低等真核生物，是世界公认的可食用性微生物。
在普洱茶大生产发酵渥堆过程中，黑曲霉数量始终处于优势地位，黑曲霉可以产生胞内、胞外两类酶，有20种左右的水解酶。
水解产物大多为单糖、氨基酸、水化果胶和可溶性碳水化合物，使茶叶内含有效成分易于渗出、扩散，为增强茶汤的滋味和形成普洱茶厚、滑、醇的品质特色奠定了坚实的物质基础。
渥堆过程中始终是以优势菌群作用于普洱茶。
二、青霉属
在普洱茶渥堆过程中青霉产生多种酶类及有机酸，同时，产黄青霉代谢产生的青霉素对杂菌、腐败菌可能有良好的消除和抑制生长作用。
因此，我们认为产黄青霉对普洱茶醇和品质的形成有辅助作用。
三、根霉属
根雄的淀粉酶活力较高，能产生有机酸，如反丁烯二酸、乳酸、琥珀酸等，还能产生芳香的酯类物质，也是转化甾醇族化合物的重要菌类，但由于分泌果胶酶能力强，普洱茶在渥堆中茶叶软化也与该霉滋生有关。
在渥堆屮的每个阶段，控制好适当的温度和湿度，提高根霉菌的比例，有利于普洱茶粘滑和醇厚品质的形成。
四、灰绿曲霉
该菌种会使食品腐烂变质。
生产中应尽量避免菌群的滋生。
经试验可知，在大生产中出现较多，而模拟、渥堆试验加工的普洱茶中出现很少，后期消失。
因此，控制堆温、改善制茶环境卫生有利于纯正普洱茶品种的形成。
五、酵母属
酵母属是普洱茶品质的重要菌种。
在普洱茶渥堆中，由于湿热作用为酵母菌的代谢活动创造了良好的环境，增强了酶的活性，同时也给茶叶的化学成分变化提供了热源。
加之霉菌能利用各种多糖作为碳源进行糖代谢，并产生大量的多糖和单糖，为酵母提供足够的穴养后迅速繁殖。
当提供冇利于酵母菌滋生的环境，使其迅速繁殖，加工中茶叶的品质表现为香甜、醇滑的特点。
酵母菌与普洱茶陈香、醇、甘、滑的品质特点息息相关。
六、
在普洱茶渥堆过程中，各种微生物之间存在拮抗作用，数目极少，没有发现致病。
如酵母和霉菌的大量繁衍，能抑制的生长。
国内外研究表明，茶叶中的茶多酚也能抑制致病性的生长繁殖。