在医疗实践的同时，曾学军教授致力于临床医学教育，任美国内科医师学会（ACP）Fellow、美国医学研究所（IOM）中国医学教育代表。曾荣获北京市高等教育改革二等奖、 “住院医师心中好老师”、北京市师德先进个人、北京协和医学院教学名师等荣誉，带领普通内科获得2015年北京协和医学院教学团队称号。2019年2月入选十大社区健康促进首 席专家。
北京协和医院风湿免疫科作为我国风湿学病专业发展与人才培养的蕞早基地之一，自1980年建科历经四十多年风雨，集医疗、科研、教学为一体，不断提高风湿病学诊断水平，推动国内风湿病学的发展。科室树立了以科研为，教学为基础，医疗为根本的发展理念开展工作。目前全科46人，其中老专家3人，现有国家人事部留学归国人员科研基金（包括海外）获得者4人，政府特贴专家人3人，主任医师11人，博士生导师12人，副主任医师10人，硕士生导师12人，高级职称24人，中级15人，以及各类专业技术人员22人。临床40岁以下的青年医师中100％具有博士学位，80%具有在西方发达国家实验室工作进修的经历。目前有10位在全国学会任职包括中华医学会风湿病学分会主任委员、侯任主任委员以及中国医师协会风湿免疫科医师分会会长、副会长等，北京医学会任职10人。科室年门诊量超过13万人次，床位68张，为全国各地的危重疑难风湿病人服务。
北京协和医院风湿免疫科被业界称为中国风湿病学科的“黄埔军校”。1979年，在“中国风湿病学之父”张乃峥教授的带领下，北京协和医院成立了中国蕞早的风湿免疫学组，翻开了中国风湿病学事业的崭新篇章。四十余年来，在几代协和风湿免疫人的辛勤奋斗下，科室蓬勃发展，引领并见证了我国风湿病学事业从无到有、自小变大、由弱变强。
今天的北京协和医院风湿免疫科，是医疗、教学、科研齐头并进的科室典范，连续12年蝉联复旦版《中国医院专科声誉排行榜》风湿专科榜首，连续9年在《中国医院/中国医学院校科技量值（STEM）》风湿病学与自体免疫病学中排名第 一，是中国风湿病学领域当之无愧的“领头羊”。