化粪池主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
过粪管位置
过粪管安装的位置关系到粪便流动方向，流程长短，是否有利于厌氧和能否有效阻流粪皮、粪渣、以及保持一、二池的有效容积，新鲜粪便进入粪池后，多集中在上层形成粪皮，然后逐渐疏松崩解，比重较大的下沉形成粪渣，粪皮与粪渣之间为稀粪液。寄生虫卵一般都集中在粪皮和粪渣中，因此，过粪管位置要放在寄生虫卵较少的中层粪液。过粪管位置较好的设置应分别斜插安装在两堵隔墙上：其中池到第二池过粪管下端位置在池的下1/3处，上端在第二池距池顶100mm左右：第二池到第三池过粪管下端位置在第二池的下端1/3或中部1/2处、上端在第三池距池顶100左右，过粪管与隔墙的水平夹角应呈60度。附有关平面图。
作业标准
1、化粪池内清理的粪便污水、污渍清运并妥善处理。
2、确保服务范围内所有化粪池粪便污水不外溢。
3、如出现化粪池污水外溢等异常情况，接到通知后须在8小时内到达处理。
4、在清理化粪池的过程中，应当采取相应的防范措施。
环卫处清理化粪池都是先用吸粪车吸出表层液体，再用高压水冲洗，待气味发散一会儿后，才能下人清理淤积物化粪池长期不清理，其中积存的沼气让化粪池变成了一个隐形“炸弹”，不清理或不专业的清理很容易将其引爆。