过滤池系统设计的要求是，过滤室的面积相当于鱼池面积的五分之一左右，这里说的是面积而不是体积，滤材的高度以低于鱼池水面30公分，当然这和采用什么滤材有关，整个过滤系统的总面积及体积越大，处理水质的能力就越好。过滤水流经整个过滤系统的时间在10-15分钟，当然水流经过滤系统的时间越长，微生物处理水质的效果就越彻底，而且废物沉淀的效果越理想。这里要注意过滤系统不能出现死水区，鱼池水每天至少要经过滤循环8次，当然这是相对于一个大型鱼池的下限，我们的鱼池一般都较小，而且养殖的密度一般都远高于每吨水一条成鱼的要求，所以应该采用更大的泵来促进水的过滤循环，经常采用的数据是每小时循环一次以上。其实对于过滤池系统来说，物理过滤和生物过滤的滤材并没有严格的区分。物理过滤的滤材因为表面也要附着净水微生物所以也兼具生物净化的功能；而生物滤器由于表面一般都有很多的孔隙也能够附着大量的杂物所以也具有物理净化的作用；在生物过滤下面的沉淀室其实就是为物理沉降所设置的。两种滤材之间也没有严格的界定如毛刷一般用于物理过滤，也可以用于生物过滤-主要是看个体的具体设定。
生化仓室，就是生物滤室中往往被放置多种不同特点和功用的滤材-如珊瑚砂、过滤垫、沸石、麦饭石、生化球、玻璃环等等。而多个互联的滤室可以分别按设定的顺序放置。让每个滤室的水流是从下而上地流经生化过滤材料，只有这样的方式才能培养出锦鲤鱼池中的大多数微生物有益菌。 竖管仓室： 利用连通器的原理，把主池排水管和各个滤室底排管分别引入其中，只要拔掉任何一个连通管上插着的竖管就能够实现对该管所连接水池或滤室的独立排水，对于低于地面的竖管室，一般用抽水泵进行排空。
沉淀仓室： 是池水进入过滤系统的个单元，就是当水流通过PVC输送管进入沉淀室后，体积较大的固体杂物就会沉降在沉淀室里。沉淀室需要有较大的体积以便于缓和水流的流速，在沉淀室甲经常会采用一些孔隙较大的挡板之类的设计以帮助减缓流速，这样较大颗粒的固体杂物就很容易被沉降下来。 物理仓室： 毛刷其重量轻、构造简单方便清洗，即便较长时间不清洗也不会堵塞，其粘附异物的功能极强，不同的尺寸可以应付不同大小过滤室的需要。同时由于其上面极易附着大量的净水微生物而往往被人做为生物滤材-甚至有人把所有的滤室都放上毛刷作为滤材。毛刷作为物理滤材要求要尽可能高密度地排放，否则还是会有许多的固体废物通过毛刷室而直接进入下面的生化过滤单元。
后期维护和管理
在水池防腐处理完成之后，需要进行后期维护和管理。这包括定期检查和修补损坏的防腐层、清理水池内部的沉淀物和污垢、保持水池表面的清洁和干燥等措施。同时，还需要对水池进行定期的维修和保养，以保证其正常运行和使用寿命。