独立性保函则不同，它虽是依据基础合同开立，但一经开立，便具有独立的效力，是自足文件，担保人对受举益人的索赔要求是否支付，只依据保函本身的条款。 独立性保函一般都要明确担保人的责任是不可撤销的、无条件的和见索即付的。保函一经开出，未经受益人同意，不能修改或解除其所承担的保函项下的义务；保函项下的赔付只取决于保函本身，而不取决于保函以外的交易事项，银行收到受益人的索赔要求后应立即予以赔付规定的金额。见索即付保函就是独立性保函的典型代表。
保函有从属性保函和独立性保函之分，备用信用证无此区分 保函作为人的担保的一种，它与它所凭以开立的基础合同之间的关系是从属性亦或是独立的关系呢？据此，保函在性质上有从属性保函和独立性保函之分。传统的保函是从属性的，保函是基础合同的一个附属性契约，其法律效力随基础合同的存在、变化、灭失、担保人的责任是属于第二性的付款责任，只有当保函的申请人违约，并且不承担违约责任时，保证人才承担违约责任时，保证人才承担保函项下的赔偿责任。而申请人是否违约，是要根据基础合同的规定以及实际履行情况来作出判断的，但这种判断显然不是件简单的事，经常要经过仲裁或诉讼才能解决其中的是非曲直。所以当从属性保函项下发生索赔时，担保人要根据基础合同的条款以及实际履行情况来确定是否予以支付。各国国内交易使用的保函基本上是从属性质的保函。
应用上的相同之处 保函和备用信用证都是国际结算和担保的重要形式，在国际经贸往来中可发挥相同的作用，达到相同的目的。 在国际经贸交往中，交易当事人往往要求提供各种担保，以确保债项的履行，如招标交易中的投标担保，履约担保，设备贸易的预付款还款担保，质量或维修担保，国际技术贸易中的付款担保等，这些担保都可通过保函或备用信用证的形式实现。从备用信用证的产生看，它正是作为保函的替代方式而产生的，因此，它所达到的目的自然与保函有一致之处。实践的发展也正是如此。
保函与备用信用证的类同之处 （一）定义上和法律当事人的基本相同之处 保函和备用信用证，虽然在定义的具体表述上有所不同，但总的说来，它们都是由银行或其他实力雄厚的非银行金融机构应某项交易合同项下的当事人（申请人）的请求或指示，向交易的另一方（受益人）出立的书面文件，承诺对提交的在表面上符合其条款规定的书面索赔声明或其它单据予以付款。保函与备用信用证的法律当事人基本相同，一般包括申请人、担保人或开证行（二者处于相同地位）、受益人。三者之间的法律关系是，申请人与担保人或开证行之间是契约关系，二者之间的权利义务关系是以开立保函申请书或开证行与受益人之间的法律关系则是以保函或备用信用证条款为准。