上游密码子的克服一般认为核糖体可以通过以下两种方式来克服上游AUG的阻碍：
（1）直接略过个AUG。
一般有两种猜想支持这一个方法：Kozak序列和二级结构。由于一部分上游AUG带有较为保守的Kozak序列：A/GNNAUGG，或许生物可以通过某种机制识别这一序列进而直接略过上游AUG的翻译。同时，也有研究表明在上游AUG周围出现二级结构可以使得其被核糖体略过而不启动翻译，而其在机制上并不容易理解，因为理论上eIF4A会解旋所有二级结构，保证翻译不受影响。[2]
（2）翻译在上游ORF终止后重新启动。
由于ORF大多很短（只有3-10个氨基酸），核糖体小亚基或许在翻译结束后继续和mRNA互作，并持续扫描而并不解离下来。一般认为此类机制下的翻译重启也会受到下游终止密码子的影响。