真空管内的水垢会影响加热效率，水垢越厚加热越慢，所以会有太阳能热水器使用时间越长，加热越慢的现象。清洗以后水垢消除，加热时间缩短，节省电费。水垢会占用水箱容积，水垢厚了，能储存的热水量就少了。去除水垢，水箱的热水储存量就能越来越多。
除了在用户体验上，如果不及时的清洗太阳能热水器还会降低太阳能热水器的传热效率，甚至热能转换效率会失效，水垢的积累还会导致微生物和的滋生和增长，会导致皮肤病的产生。若水垢过厚则会导致真空管内的热量难以散发，甚至有爆裂危险。因此用户需要注意，养成定期太阳能热水器清洗的习惯。
夏季水桶内的热水使用后应及时加满(放心加水，只要玻璃管内有水就不会爆裂的，玻璃管内的水是放不出来的，除非长期不使用也没有加水，玻璃管内的水都被蒸发掉了，这种情况下有太阳照射时是不能加水的)，这样可以降低水桶内的水温，减少结垢，如果没有水温、水温显示仪的话，建议加装一个，这样可以方便地查看水桶内的水温和水位情况。要尽量使水桶内的水温低于80度，60-70度，这样就不会产生水垢了。夏季洗衣服、洗碗等都尽量使用热水，然后及时加满自来水，以降低水桶内的水温。夏天如果水桶内的水温过高，可用防晒网或其它物品将玻璃管罩住，降低太阳的照射。
只有正确的了解到太阳能热水器的清洗方法，我们才能够对太阳能热水器做一个正确的掌握。定期对太阳能热水器进行清洗的话，是可以减少太阳能热水器清洗的困难度的，也可以更好的保证太阳能热水器的清洗效果以及太阳能热水器的使用效果。